Die FSME tritt vorwiegend in bestimmten Endemiegebieten auf. Diese liegen in Süddeutschland (Baden-Württemberg, Bayern, Südhessen, südöstliches Thüringen) und in weiteren Gebieten in Sachsen, in Niedersachsen, in Brandenburg, in Nordrhein-Westfalen, in Rheinland-Pfalz, im Saarland und in Sachsen-Anhalt sowie in Teilen von Österreich und der Schweiz, in Skandinavien und Osteuropa. In Höhenlagen über 1.000 Meter kommen meist keine Zecken vor.