In der ePA sind sensible Gesundheitsdaten enthalten, daher muss der Zugang zur ePA sicher ausgestaltet sein. Versicherte müssen sich bei erstmaliger Anmeldung in der ePA-App ihrer Krankenkasse entweder mit ihrem elektronischen Personalausweis und PIN oder ihrer elektronischen Gesundheitskarte (eGK) und der dazugehörigen PIN authentifizieren. Für nachfolgende Logins können Versicherte aktiv entscheiden, welche Identifizierung sie nutzen (z. B. Gesichtserkennung). Je nach genutztem Smartphone kann es dabei Unterschiede geben.